Besteht die Möglichkeit Videos auch im 3:2 Format auszugeben? Um sie z.B. anschließend per Schnittprogramm animieren zu können?

Im Final Cut oder AE gestaltet sich eine Kameraanimation einfacher als über das Beschneidenwerkzeug und Keyframes...

In LRTimelapse kannst Du den automatischen Beschnitt in den Einstellungen abschalten, wenn Du allerdings mit Lightroom das Video renderst, wird Lightroom immer wieder 16:9 machen. Eine alternative ist es, die (unbeschnittenen) RAWs+XMP direkt in After Effects einzulesen und dort das Video auszugeben, hier kann man natürlich mit allen möglichen Formaten arbeiten.

Wenn Du kein After Effects hast und das trotzdem möchtest, müsstest Du ansonsten auf Lightroom heraus erst eine JPG sequenz rendern und diese dann in die Videobearbeitung Deiner Wahl importieren, falls sie das beherrscht.

Das hab ich befürchtet. So hab ichs früher auch immer gemacht (über Quicktime - Bilderserie). Der Weg direkt über Lightroom ist halt mit deinen Presets schon recht bequem.

Theoretisch könnte ich doch dein Preset mit Textedit editieren und müsste nur "width" , "height" und evtl. die Bitrate ändern oder?

Nein, das wird nicht funktionieren, weil Lightroom das nicht unterstützt.