Der Referenzbereich fürs Deflickern soll ja möglichst da gesetzt werden wo kaum Objekte ins Bild gelangen können. Das mag oftmals der Himmel sein. Doch was ist zu tun wenn ich bei einer Sequenz permanent Wolken habe die das Bild verändern ? Irgendwoanders im Bild etwas suchen ? Oder Referenz möglichst klein definieren ?

Nein, Referenz möglichst groß definieren, so das die Wolken sich gegenseiteig "aufheben".